依法管理宗教事务，是指政府根据宪法和有关法律、法规及规范性文件，对宗教方面涉及国家利益、社会公共利益的关系和行为，以及社会公共活动涉及宗教界权益的关系和行为的行政管理。依法进行管理，就是要切实保障宗教信仰自由，保证正常宗教活动的有序进行，保护宗教团体的合法权益。依法管理宗教事务的要旨是保护合法、制止非法、遏制极端、抵御渗透、打击犯罪。

这种管理包含两个方面的内容：一方面，要管理违背宗教信仰自由政策，侵犯公民宗教信仰自由权利，侵犯宗教教职人员履行正常教务权利，侵犯宗教组织合法权益的事情；另一方面，要规范那些以“宗教信仰自由”为借口，违背宪法、法律和政策的事情，防止和制止不法分子利用宗教活动制造混乱，违法犯罪以及境外敌对势力的渗透活动。