坚持独立自主自办原则，是指我国的宗教事务和宗教团体不受外国势力支配，任何境外宗教组织、团体和个人不得在我国境内成立宗教组织、设立宗教办事机构和宗教活动场所、开办宗教院校、擅自招收留学生，不准在我国公民中发展教徒、委任宗教教职人员或进行其他传教活动。

我国宪法第三十六条明确规定：“宗教团体和宗教事务不受国外势力的支配”。新修订的《宗教事务条例》第五条明确规定，“各宗教坚持独立自主自办的原则，宗教团体、宗教院校、宗教活动场所和宗教事务不受外国势力的支配。”同时规定，“宗教团体、宗教院校、宗教活动场所、宗教教职人员在相互尊重、平等、友好的基础上开展对外交往；其他组织或者个人在对外经济、文化等合作、交流活动中不得接受附加的宗教条件。”

坚持独立自主自办，宗教团体、宗教院校、宗教活动场所和宗教事务不受外国势力的支配，是指中国的宗教事务由中国的信教公民（含宗教教职人员）自主办理，由中国的信教公民自己的组织（宗教团体、宗教院校和宗教活动场所）进行管理，中国的宗教团体、宗教院校、宗教活动场所和宗教事务不在组织上、经济上依赖或依附于外国势力。《中华人民共和国境外非政府组织境内活动管理法》第五条规定境外非政府组织……不得非法从事或者资助宗教活动。《中华人民共和国境内外国人宗教活动管理规定》及其实施细则规定，外国人不得干涉中国宗教团体、宗教活动场所的设立和变更，不得干涉中国宗教团体对宗教教职人员的选任和变更，不得干涉和支配中国宗教团体、宗教活动场所的其他内部事务；外国人不得在中国境内成立亲教组织、设立宗教办事机构、设立宗教活动场所或者开办宗教院校、宗教培训班，不得在中国公民中发展教徒、委任宗教教职人员、擅自在宗教活动场所讲经讲道、制作或者销售宗教书刊、宗教音像制品、宗教电子出版物等宗教用品、散发宗教宣传品和进行其他传教活动等。

其他组织或者个人在对外经济、文化等合作、交流活动中不得接受附加的宗教条件，主要指除宗教团体、宗教院校、宗教活动场所以外的其他组织和个人在与外国开展经济、文化等合作、交流活动时，应坚持与宗教相分离的原则，不得接受对方附加的宗教方面的任何条件。如投资建厂时要求在厂区内设置宗教活动场所，要求招收的工人信仰某种宗教；援助建立医疗、文化机构时，要求附设宗教活动场所以及进行其他传教活动等。